По сравнению с другими растениями пионы довольно устойчивы к заболеваниям, но при неправильном уходе могут сильно болеть. В Прибайкалье пионы чаще всего заболевают серой гнилью. Это грибковое заболевание, которое бывает обычно в дождливое время года. Она поражает все надземные части пиона. На молодых побегах у поверхности почвы появляются коричневые пятна, кольцом охватывающие стебель. Такие же пятна развиваются позднее и на старых побегах. Заболевшие стебли разрушаются, и у пораженного растений нарушается - режим питания. Листья, начиная с краев, коричневеют, свертываются, пораженные бутоны не распускаются, побеги увядают и засыхают. Во влажную теплую погоду больные места покрываются пепельно-серым налетом. У основания побегов образуется мелкие черные cклероции. Гриб вызывает гниль корневищ, отчего может погибнуть все растение. Зимует гриб на пораженных растительных остатках и в корневищах, поэтому осенью необходимо обрезать стебли у самой поверхности земли и сжечь. Во время вегетации растений заболевание распространяется спорами, их разносят муравьи и тля. Сладкий сок, появляющийся на бутонах в июне, привлекает муравьев. В этом случае около кустов все близлежащие муравейники и тлю уничтожают. При обнаружении заболеваний в течение вегетации необходимо пораженные стебли обрезать и сжечь, а кусты опрыснуть и полить не менее 3 л на растение 0,5-процентной хлорокисью меди, или 1-процентной бордоской жидкостью или 0,2-процентным раствором фундозола. Препараты лучше чередовать.
Другими грибными заболеваниями, такими, как ржавчина, бурая пятнистость, увядание стеблей, фитофтороз, пионы заболевают реже. Меры борьбы такие же, как и с серой гнилью. Эффектно опрыскивание в профилактических целях нитрофеном (2%) 1 раз в 3 года осенью или рано весной до появления ростков. Еще реже встречается кольцевая пятнистость (вирусная болезнь). На листьях появляются светло-желто-зеленого цвета полукольца или кольца, чаще всего зараженное растение нормально развивается и цветет. Меры борьбы. Пораженные стебли сжигают. Сильно зараженные растения лучше удалить с участка, чтобы не заразить вирусом другие кусты. После срезки стеблей нож и руки дезинфицируют густым раствором марганцовки.